Der Hauptunterschied zwischen Stereozentrum und chiralem Zentrum besteht darin, dass ein Stereozentrum ein beliebiger Punkt eines Moleküls ist, der ein Stereoisomer ergeben kann, wenn zwei Gruppen an diesem Punkt ausgetauscht werden, während ein chirales Zentrum ein Atom in einem Molekül ist, das bei zwei Gruppen ein Enantiomer ergeben kann Dieses Zentrum ist vertauscht.
Die beiden Begriffe Stereozentrum und chirales Zentrum werden häufig synonym verwendet, da alle chiralen Zentren Stereozentren sind. Alle Stereozentren sind jedoch keine chiralen Zentren.