Der Hauptunterschied zwischen Cisgenese und Intragenese besteht darin, dass bei der Cisgenese Gene eingeführt werden, ohne die DNA-Sequenz zu ändern, und dass die Gene ihre nativen Promotor-, Intron- und Terminatorsequenzen aufweisen, während bei der Intragenese Gene unter Verwendung genetischer Elemente aus anderen Pflanzen entworfen werden können mit dem gleichen sexuell kompatiblen Genpool.
Transgenese ist die genetische Veränderung in einer Empfängerpflanze mit Genen eines Nicht-Pflanzenorganismus oder einer Spenderpflanze, die mit der Empfängerpflanze sexuell inkompatibel ist. Cisgenese und Intragenese sind zwei alternative Konzepte zur Transgenese. Beide finden zwischen kreuzbaren Arten statt. Cisgenese bezieht sich auf die genetische Veränderung einer Empfängerpflanze mit einem natürlichen Gen aus einer sexuell kompatiblen Pflanze. Die Intragenese ermöglicht andererseits die Verwendung neuer Genkombinationen, die durch In-vitro-Umlagerungen funktioneller genetischer Elemente erzeugt werden. Beide Konzepte basieren jedoch auf der Verwendung von Genen derselben Art oder eng verwandter Arten, die sexuell kompatibel sind. Intragenese und Cisgenese sind daher identisch mit dem für die konventionelle Züchtung verfügbaren Genpool.
