Der Hauptunterschied zwischen Pepsin und Protease besteht darin, dass das Pepsin eine Art von Protease ist, während die Protease ein Enzym ist, das Protein in Aminosäuren spaltet.
Proteine sind wichtige Makromoleküle aus verschiedenen Aminosäuren. Aminosäuren sind die Bausteine von Proteinen und polymerisieren durch Amidbindungen zu Proteinen. Einige Enzyme können Proteine in Aminosäuren zerlegen und sind als Proteasen bekannt. Es gibt verschiedene Arten von Proteasen, die sich je nach Hydrolysemechanismus unterscheiden. Unter diesen ist Pepsin, das eine Magenprotease ist, ein solcher Typ.