Der Hauptunterschied zwischen Genom und Genpool besteht darin, dass sich das Genom auf die gesamte DNA eines Organismus bezieht, während sich der Genpool auf den vollständigen Satz einzigartiger Gene einer Mischpopulation bezieht.
Gen ist die grundlegende strukturelle Einheit der Vererbung. Gene gelangen über Gameten vom Elternteil zum Nachwuchs. Sie sind auch im Genom eines Organismus vorhanden. Das Genom ist der vollständige DNA-Satz eines Organismus. Genpool ist auch ein ähnlicher Begriff. Es repräsentiert jedoch die Sammlung aller Gene, die in einer Population oder einer Art vorhanden sind. Im Gegensatz zum Genom ist der Genpool eine Mischung aus Genen einer Population. Dementsprechend repräsentiert der Genpool alle möglichen Allele, die in dieser bestimmten Population vorhanden sind.