Der Hauptunterschied zwischen Zooidogamie und Siphonogamie besteht darin, dass Zooidogamie ein Zustand ist, bei dem männliche Gameten im Wasser schwimmen, um ihre weiblichen Gameten zu erreichen, während Siphonogamie ein Zustand ist, bei dem Pollenschläuche entwickelt werden, um männliche Gameten zu weiblichen Gameten zu transportieren.
Die sexuelle Fortpflanzung erfolgt auf unterschiedliche Weise zwischen verschiedenen Pflanzengruppen. Um die Befruchtung abzuschließen, sollten männliche Gameten die weiblichen Gameten erreichen. Zooidogamie und Siphonogamie sind zwei Möglichkeiten, die erklären, wie männliche Gameten zu weiblichen Gameten wandern. In der Zooidogamie schwimmen männliche Gameten in Richtung weiblicher Gameten, während in der Siphonogamie männliche Gameten durch einen Pollenschlauch in Richtung weiblicher Gameten wandern. Zum Beispiel zeigen Algen, Bryophyten, Pteridophyten und einige Gymnospermen Zooidogamie, während Samenpflanzen Siphonogamie zeigen.
