Der Hauptunterschied zwischen Energiefluss und Materiekreislauf besteht darin, dass der Energiefluss die Energieübertragung von einer trophischen Ebene zur nächsten trophischen Ebene in Nahrungsketten zeigt, während der Materiezyklus den Fluss oder Kreislauf von Elementen durch die lebenden und nicht lebenden Teile von Ökosystemen zeigt.
Energie fließt in einem Ökosystem durch Nahrungsketten. In ähnlicher Weise durchlaufen Elemente verschiedene Teile der Erde. Sonne ist die Energiequelle der meisten Ökosysteme. Primärproduzenten binden Energie des Sonnenlichts in Kohlenhydrate. Verbraucher, insbesondere Pflanzenfresser, konsumieren von den Herstellern produzierte Lebensmittel. Dann sind Fleischfresser und Allesfresser auf Pflanzenfresser angewiesen. Ebenso fließt Energie durch verschiedene trophische Ebenen. Gleichzeitig wird Materie über verschiedene Prozesse recycelt. Tatsächlich bewegen sich sowohl Energie als auch Materie in Nahrungsketten von einem Organismus zum anderen.
