Der Hauptunterschied zwischen CRISPR und CRISPR Cas9 besteht darin, dass CRISPR (Clustered Regular Interspaced Short Palindromic Repeat) ein natürlich vorkommender prokaryotischer Immunabwehrmechanismus ist, während CRISPR cas9 eine RNA-gesteuerte Cas9-Nuklease ist, die Teil des adaptiven CRISPR-Immunsystems ist.
CRISPR ist ein antivirales Immunsystem, das in Bakterien und Archaeen vorkommt. Es ist eine Familie von DNA-Sequenzen, die im Bakteriengenom gefunden werden. Es besteht aus Spacersequenzen, die von DNA-Fragmenten von Bakteriophagen abgeleitet sind, die sie zuvor infiziert hatten. Bei nachfolgenden Virusinfektionen verwenden Bakterien diese Sequenzen, um virale DNA zu zerstören. CRISPR-Sequenzen weisen kurze palindromische Wiederholungen und Spacersequenzen auf. Darüber hinaus weisen CRISPR-Wiederholungs-Spacersequenzen häufig Gene auf, die für Cas-Proteine kodieren. Cas9 ist eine RNA-gesteuerte Endonuklease. Zusammen mit CRISPR-Sequenzen wirkt das Cas9-Protein als adaptives Immunsystem in Bakterien gegen Bakteriophagen.