Der Hauptunterschied zwischen quaternärem Ammonium und Ammoniak besteht darin, dass das quaternäre Ammoniakmolekül ein zentrales Stickstoffatom aufweist, das an vier Alkylgruppen gebunden ist, während das Ammoniakmolekül ein Stickstoffzentrum enthält, das an drei Wasserstoffatome gebunden ist.
Quaternäres Ammonium ist ein Kation, das von einem normalen Ammoniakmolekül abgeleitet ist. Hier sind die drei Wasserstoffatome des Ammoniakmoleküls mit ähnlichen oder unterschiedlichen Alkylgruppen substituiert, und es gibt eine zusätzliche Alkylgruppe, die über ihr einzelnes Elektronenpaar an das Stickstoffatom gebunden ist.