Der Hauptunterschied zwischen Resonanz und Mesomereffekt besteht darin, dass die Resonanz ein Ergebnis der Wechselwirkung zwischen Einzelelektronenpaaren und Bindungselektronenpaaren ist, während der Mesomereffekt auf das Vorhandensein von Substituentengruppen oder funktionellen Gruppen zurückzuführen ist.
Die beiden chemischen Konzepte Resonanz und Mesomereffekt bestimmen die genaue chemische Struktur eines organischen Moleküls. Die Resonanz entsteht in Molekülen mit einzelnen Elektronenpaaren an einem der Atome im Molekül. Der mesomere Effekt entsteht, wenn ein Molekül Substituenten oder funktionelle Gruppen aufweist. Beide Phänomene sind in organischen Molekülen häufig.