Der Hauptunterschied zwischen Chromatofokussierung und isoelektrischer Fokussierung besteht darin, dass die Chromatofokussierung eine Art Säulenchromatographieverfahren ist, bei dem Ionenaustauscherharze verwendet werden, während die isoelektrische Fokussierung eine Art Elektrophoresetechnik ist, bei der immobilisierte pH-Gradientengele verwendet werden.
Chromatofokussierung und isoelektrische Fokussierung sind zwei Techniken, die Proteine nach ihren isoelektrischen Punkten trennen. Sowohl die Chromatofokussierung als auch die isoelektrische Fokussierung haben ein großes Auflösungsvermögen. Die Chromatofokussierung ist eine hochauflösende Säulenchromatographie-Methode, während die isoelektrische Fokussierung eine elektrophoretische Trennmethode ist. Darüber hinaus verwendet die Chromatofokussierung kein elektrisches Feld, während die isoelektrische Fokussierung ein elektrisches Feld benötigt.
