Der Hauptunterschied zwischen Knospung und Sporenbildung besteht darin, dass Knospung eine Art asexuelle Fortpflanzung ist, bei der ein neuer Organismus aus einer kleinen knospenartigen Struktur stammt, die sich auf dem Elternorganismus entwickelt, während die Sporenbildung eine Form der asexuellen Fortpflanzung ist, bei der neue Individuen auftreten stammen direkt aus den Sporen des Elternteils.
Knospung und Sporenbildung sind zwei verschiedene asexuelle Fortpflanzungsmethoden. Sowohl die Knospung als auch die Sporenbildung betreffen einen einzigen Elternteil. Daher gibt es keine Vermischung oder keinen Austausch von genetischem Material. Deshalb sind die durch Knospung und Sporenbildung erzeugten Nachkommen genetisch identisch mit ihrem Elternorganismus.