Der Hauptunterschied zwischen Helikase und Topoisomerase besteht darin, dass Helikase ein Enzym ist, das zwei komplementäre DNA-Stränge durch Aufbrechen von Wasserstoffbrücken zwischen den Basen zweier Stränge trennt, während Topoisomerase ein Enzym ist, das positive und negative Superspulen entfernt, die während des Abwicklungsprozesses von DNA durch Schneiden gebildet werden und Wiederverschließen eines oder beider Stränge des DNA-Duplex.
DNA ist eine Doppelhelix. Es existiert in zwei komplementären Strängen, die über Wasserstoffbrücken miteinander verbunden sind. DNA-Replikation, Transkription und DNA-Reparatur erfordern, dass zwei Stränge voneinander getrennt werden, um neue Kopien zu erstellen, mRNA herzustellen und Nukleotide zur Reparatur hinzuzufügen. An dieser Stelle kommen die beiden Enzyme Helikase und Topoisomerase ins Spiel. Daher sind sowohl Helikase als auch Topoisomerasen beim Abwickeln der DNA essentiell. Helicase trennt doppelsträngige DNA in Einzelstränge, indem die Wasserstoffbrücken zwischen den Nukleotidbasenpaaren in doppelsträngiger DNA aufgebrochen werden. Im Gegensatz dazu löst Topoisomerase die DNA-Verdrehung und lindert die DNA-Supercoil-Natur, indem sie das DNA-Phosphat-Rückgrat entweder in einen oder beide Stränge schneidet.
