Der Hauptunterschied zwischen Epiblast und Hypoblast besteht darin, dass Epiblast eine der beiden Schichten der Embryonalscheibe ist, die drei primäre Keimschichten (Ektoderm, definitives Endoderm und Mesoderm), amnionisches Ektoderm und extraembryonales Mesoderm bildet, während Hypoblast die zweite Schicht von ist die embryonale Scheibe, die den Dottersack bildet.
Bei der Befruchtung wird eine Eizelle mit einem Sperma verbunden und eine diploide Zygote gebildet. Die Zygote entwickelt sich schließlich über Zellteilung und Zelldifferenzierung zu einem Embryo. Nach einigen Tagen der Befruchtung durchläuft die Zygote mehrere Zellspaltungen und bildet das Morula-Stadium, das das 16-Zellen-Stadium ist. Es hat zwei Zellmassen, die als innere Zellmasse (Embryoblast) und äußere Zellmasse (Trophoblast) bezeichnet werden. Darüber hinaus bildet die innere Zellmasse die beiden Zellschichten - Epiblast und Hypoblast -, die den eigentlichen Embryo bzw. den Dottersack bilden. Die äußere Zellmasse wird ein Teil der Plazenta sein.
