Der Hauptunterschied zwischen Genamplifikation und Genklonierung besteht darin, dass die Genamplifikation der Prozess ist, bei dem viele Kopien des interessierenden Gens in vitro durch eine Polymerasekettenreaktion hergestellt werden. Das Klonen von Genen ist jedoch ein Prozess, bei dem viele Kopien des interessierenden Gens in vivo hergestellt werden, indem ein rekombinantes Plasmid hergestellt und in ein Wirtsbakterium umgewandelt wird.
Ein Gen ist ein spezifisches DNA-Fragment, das für ein Protein kodiert. Ein Organismus besitzt Tausende von Genen. Darüber hinaus ist es möglich, die DNA-Sequenzen wichtiger Gene mithilfe molekularbiologischer Techniken zu multiplizieren. Genamplifikation und Klonierung von Genen sind zwei solche Verfahren. Beide Verfahren erzeugen viele Kopien eines interessierenden Gens. Es gibt jedoch einen Unterschied zwischen der Genamplifikation und der Klonierung von Genen hinsichtlich ihrer Methodik.