Der Hauptunterschied zwischen Mitochondrien und Chloroplasten besteht darin, dass Mitochondrien die membrangebundenen Zellorganellen sind, die Energie in den eukaryotischen Zellen erzeugen, während Chloroplasten eine Art eukaryotischer Zellorganellen sind, die die Photosynthese in Pflanzen und Algen durchführen.
Sowohl Mitochondrien als auch Chloroplasten sind zwei große Organellen, die in eukaryotischen Zellen gefunden werden. Tatsächlich sind sie die zellulären Generatoren von eukaryotischen Zellen. Diese beiden Organellen und symbiotischen Bakterienzellen weisen einige strukturelle Merkmale auf, wie die Fähigkeit zur Selbstreplikation, das Vorhandensein von zirkulärer DNA und ähnlichen Ribosomen usw. Aufgrund dieser Ähnlichkeiten glauben Wissenschaftler, dass sich Mitochondrien und Chloroplasten aus kleinen symbiotischen Bakterien entwickelt haben. Endosymbiose ist die Theorie, die dieses Phänomen erklärt. Darüber hinaus weisen sie einige strukturelle und funktionelle Ähnlichkeiten auf, da beide Organellen aktiv am Energiestoffwechsel in eukaryotischen Zellen beteiligt sind. Es gibt jedoch einen signifikanten Unterschied zwischen Mitochondrien und Chloroplasten aufgrund ihrer Physiologie.