Der Hauptunterschied zwischen Festkörperfermentation und Unterwasserfermentation besteht darin, dass bei der Festkörperfermentation Mikroorganismen auf einem festen Substrat mit niedrigem Feuchtigkeitsgehalt kultiviert werden, während bei der Unterwasserfermentation Mikroorganismen in einem flüssigen Medium mit einem Wassergehalt von mehr als 95% kultiviert werden.
Mikroorganismen sind in verschiedenen Branchen von Vorteil. Bakterien und Pilze finden insbesondere in der Industrie vielfältige Anwendung. Mikroorganismen sollten während des industriellen Fermentationsprozesses in großem Maßstab gezüchtet werden, um die notwendigen Produkte zu extrahieren, die aus dem mikrobiellen Stoffwechsel resultieren. Festkörperfermentation und Tauchfermentation sind zwei Haupttypen der Fermentation, die zur industriellen Herstellung von Enzymen beitragen. Bei der Festkörperfermentation erfolgt die Fermentation durch auf einem festen Substrat gezüchtete Mikroorganismen, während bei der Tauchfermentation die Fermentation durch in einem flüssigen Medium gezüchtete Mikroorganismen erfolgt. Jede Methode hat sowohl Vor- als auch Nachteile.