Der Hauptunterschied zwischen BCAA und Aminosäuren besteht darin, dass die BCAA eine verzweigtkettige Aminosäure ist, die aliphatische Seitenketten mit einer Verzweigung aufweist, während die Aminosäuren organische Verbindungen sind, die Amingruppen, Carboxylgruppen und eine spezifische Seitenkette enthalten.
Aminosäuren sind die Bausteine von Proteinen. Die Seitengruppe (R) der Aminosäure bestimmt die Eigenschaften der Aminosäure. Daher ist diese Seitengruppe spezifisch für Aminosäuren. Mit anderen Worten, verschiedene Aminosäuren haben unterschiedliche Seitengruppen. BCAAs weisen jedoch eine zusätzliche Einzigartigkeit auf; ein zentrales Kohlenstoffatom, das an drei oder mehr Kohlenstoffatome gebunden ist.