Der Hauptunterschied zwischen Acetyl-CoA und Acyl-CoA besteht darin, dass Acetyl-CoA (oder Acetyl-Coenzym A) den Protein-, Kohlenhydrat- und Lipidstoffwechsel unterstützt, während Acyl-CoA (oder Acyl-Coenzym A) den Metabolismus von Fettsäuren unterstützt.
Acetyl-CoA ist sehr nützlich bei der Abgabe der Acetylgruppe an den Krebszyklus zur Energieerzeugung. Eine Acetylgruppe ist eine funktionelle Gruppe mit der chemischen Formel -C (O) CH 3. Eine Acylgruppe ist auch eine funktionelle Gruppe mit der chemischen Formel -C (O) R, wobei die R-Gruppe eine Fettsäureseitenkette ist. Es ist nützlich bei der Energieerzeugung durch Umwandlung in Acetyl-CoA.