Der Hauptunterschied zwischen Mitochondrien und Kinetoplasten besteht darin, dass Mitochondrien eukaryotische Zellorganellen sind, die Energie (ATP) produzieren. Inzwischen ist Kinetoplast ein Netzwerk von zirkulärer DNA, das in einem großen Mitochondrion vorhanden ist, insbesondere in Protozoen der Klasse Kinetoplastea.
Eukaryontische Zellen haben verschiedene Arten von Zellorganellen. Diese verschiedenen Organellen erfüllen innerhalb der lebenden Zelle unterschiedliche Funktionen. Von diesen sind Mitochondrien eine der membrangebundenen Organellen, die in einer eukaryotischen Zelle zu sehen sind. Sie sind die Organellen, die für die Energieproduktion (in Form von ATP) in Zellen verantwortlich sind. Daher werden sie als Kraftwerke der Zelle betrachtet. Mitochondrien haben ein eigenes Genom, bei dem es sich um zirkuläre DNA handelt, die maternal vererbt wird. Kinetoplast ist das Netzwerk zirkulärer DNA, das im großen Mitochondrium der Organismen der Klasse Kinetoplastida zu sehen ist. Daher werden Kinetoplasten nur in dieser eukaryotischen Subdomäne gesehen.
