Der Hauptunterschied zwischen Geitonogamie und Xenogamie besteht darin, dass Geitonogamie die Übertragung von Pollen auf das Stigma einer anderen Blume derselben Pflanze ist, während Xenogamie die Übertragung von Pollen auf das Stigma einer anderen Blume ist, die zu einer genetisch anderen Pflanze gehört. Geitonogamie ist eine Art der Selbstbestäubung, während Xenogamie eine Art der Fremdbestäubung ist.
Angiospermen sind auf die Bestäubung zur Befruchtung und Produktion von Samen angewiesen. Pollen von Staubbeuteln übertragen sich während der Bestäubung in das Stigma der Stempel. Die Bestäubung kann zwischen männlich-weiblichen Teilen derselben Blume oder zwischen zwei Blüten derselben Pflanze oder zwischen zwei Blüten der verschiedenen Pflanzen erfolgen. Wenn die Bestäubung zwischen zwei Blüten derselben Pflanze erfolgt, spricht man von Geitonogamie. Wenn sie zwischen zwei Blüten der verschiedenen Pflanzen auftritt, spricht man von Xenogamie.
