Der Hauptunterschied zwischen direkter und indirekter Immunfluoreszenz besteht darin, dass die direkte Immunfluoreszenz einen einzelnen Antikörper verwendet, der gegen das interessierende Ziel wirkt, während die indirekte Immunfluoreszenz zwei Antikörper verwendet, um das interessierende Ziel zu markieren.
Immunfluoreszenz oder Zellbildgebung ist eine Technik, die verwendet wird, um ein spezifisches Zielantigen mit einem Fluorophor zu markieren. Hier ist das Fluorophor eine fluoreszierende chemische Verbindung, die bei Lichtanregung Licht wieder emittieren kann. Wenn ein Fluorophor an das Zielantigen bindet, ermöglicht es den Nachweis des Zielmoleküls in der Probe. Um es weiter zu beschreiben: Wenn ein Antigen an einen bestimmten Antikörper bindet, kann es mit Fluorophoren konjugiert werden. Daher ist es leicht, das Vorhandensein des Zielantigens in der Probe nachzuweisen, wenn es unter dem Fluoreszenzmikroskop beobachtet wird.
Außerdem gibt es zwei Arten von Immunfluoreszenz; direkte und indirekte Immunfluoreszenz. Der Unterschied zwischen direkter und indirekter Immunfluoreszenz liegt hauptsächlich in der Anzahl der verwendeten Antikörper und der Fluorophor-Konjugation. Das heißt, bei direkter Immunfluoreszenz konjugiert das Fluorophor direkt mit dem primären Antikörper, während bei indirekter Immunfluoreszenz das Fluorophor mit dem sekundären Antikörper konjugiert.