Der Hauptunterschied zwischen allogener und autologer Transplantation hängt von der Quelle der zu transplantierenden Stammzellen ab. Bei der allogenen Transplantation werden neue Stammzellen eines anderen Spenders verwendet, während bei der autologen Transplantation die eigenen Stammzellen des Patienten verwendet werden.
Stammzellen sind undifferenzierte Zellen, die sich teilen und in verschiedene andere Zelltypen differenzieren können. Folglich haben diese Zellen die Fähigkeit, sich selbst zu erneuern. Sie sind daher die Grundlage für unsere Organe und Gewebe. Darüber hinaus wirken sie als Reparatursystem unseres Körpers. Da die Stammzellen in der Lage sind, mehr Tochterzellen des gleichen Typs zu produzieren oder sich in bestimmte Zelltypen zu differenzieren, werden sie in Stammzelltherapien verwendet, um fehlerhafte oder erkrankte Gewebe durch gesunde Gewebe zu ersetzen. Die Stammzelltherapie kann entweder allogen oder autolog sein. Dies hängt von den neuen Stammzellen ab, mit denen das Gewebe bei der Transplantation ersetzt wird. Wenn in der Stammzelltherapie die verwendeten Stammzellen dem Patienten gehören, spricht man von einer autologen Transplantation. Wenn es jedoch von einem anderen Spender stammt, spricht man von einer allogenen Transplantation.