Der Hauptunterschied zwischen Allelopathie und Antibiose hängt von der Art der Wirkung ab, die jedes Phänomen hervorruft. Allelopathie bewirkt sowohl positive als auch negative Auswirkungen auf die Beziehung zwischen zwei oder mehr Organismen, während Antibiose negative Auswirkungen auf einen der an der Beziehung beteiligten Organismen hat.
Die Ernährung spielt eine wichtige Rolle für das Überleben von Organismen. In diesem Zusammenhang ist die Beziehung zwischen Organismen für den Nährstoffbedarf von entscheidender Bedeutung. Sowohl Allelopathie als auch Antibiose sind Beziehungen, die zwischen zwei oder mehr Organismen stattfinden. Sie reagieren jedoch in unterschiedlicher Form aufeinander.