Der Hauptunterschied zwischen der Molekülorbitaltheorie und der Hybridisierungstheorie besteht darin, dass die Molekülorbitaltheorie die Bildung von Bindungs- und Anti-Bindungsorbitalen beschreibt, während die Hybridisierungstheorie die Bildung von Hybridorbitalen beschreibt.
Es gibt verschiedene Theorien, die entwickelt wurden, um die elektronischen und orbitalen Strukturen von Molekülen zu bestimmen. Die VSEPR-Theorie, die Lewis-Theorie, die Valenzbindungstheorie, die Hybridisierungstheorie und die Molekülorbitaltheorie sind solche wichtigen Theorien. Die akzeptabelste Theorie unter ihnen ist die Molekülorbitaltheorie.