Der Hauptunterschied zwischen RP-HPLC und HIC besteht darin, dass die RP-HPLC eine polarere mobile Phase und eine weniger polare stationäre Phase verwendet. Während HIC eine hydrophobe stationäre Phase verwendet, die es den hydrophoben Molekülen ermöglicht, sich daran zu binden.
Die Chromatographie ist eine Analysetechnik, mit deren Hilfe ein Gemisch in seine Bestandteile zerlegt werden kann. Zuerst müssen wir die zu trennende Probe in eine Lösung auflösen. Dieses Lösungs-Substanz-Gemisch wird als mobile Phase bezeichnet. Dann wird die mobile Phase durch ein anderes Material geleitet, das als stationäre Phase bezeichnet wird. Die stationäre Phase bestimmt die Trennung der Komponenten. Die Trennung erfolgt aufgrund der Aufteilung des Materials zwischen der mobilen Phase und der stationären Phase.