Der Hauptunterschied zwischen Fluxionalität und Tautomerie besteht darin, dass sich Fluxionalität auf den Austausch einiger oder aller Atome in einem Molekül bezieht, während sich Tautomerie auf den Austausch von Protonen zwischen Molekülen bezieht.
Beide Begriffe Fluxionalität und Tautomerie beziehen sich auf den Austausch von Atomen zwischen verschiedenen Positionen wie axialen und äquatorialen Positionen. Wenn diese unterschiedlichen Positionen auf demselben Molekül liegen, dann ist es Fluxionalität. Wenn das ausgetauschte Atom jedoch ein Wasserstoffatom (ein Proton) ist und sich die Positionen in zwei verschiedenen Molekülen befinden, spricht man von Tautomerie.
