Der Hauptunterschied zwischen konservierter und Konsensussequenz besteht darin, dass sich die konservierte Sequenz auf ähnliche Sequenzen von Nukleinsäuren oder Aminosäuren bezieht, die über Generationen in verschiedenen oder gleichen Spezies vorkommen, während die Konsensussequenz eine häufig vorkommende Nukleotidsequenz oder Aminosäuresequenz ist, die in einer hochkonservierten Region gefunden wird von DNA oder RNA oder Protein.
Organismen haben ähnliche und unterschiedliche Eigenschaften. Bei der Untersuchung der Beziehungen zwischen Organismen und ihrer Klassifizierung ist das Genom oder die genetische Zusammensetzung von Organismen sehr wichtig. Es gibt einige Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen, die bei verschiedenen Organismen gemeinsam sind. Eine konservierte Sequenz ist eine Nukleinsäure- oder Aminosäuresequenz, die zwischen Spezies konsistent ist. Daher sind sie bei der Erzeugung phylogenetischer Bäume phylogenetisch wichtig. In konservierten Sequenzen gibt es spezifische Nukleotidsequenzen, die häufiger vorkommen. Sie sind als Konsensussequenzen bekannt.