Der Hauptunterschied zwischen CDS und cDNA besteht darin, dass CDS oder codierende Sequenz der Teil eines Transkripts ist, der tatsächlich in Protein übersetzt wird, während die cDNA-Sequenz eine DNA-Sequenz ist, die durch reverse Transkription von der mRNA abgeleitet wird.
Ein Gen ist eine Nukleotidsequenz, die für ein Protein kodiert. Es besteht aus verschiedenen Regionen wie Promotorregion, Transkriptionsinitiationsstelle, Exons, Startcodon, Introns und Stoppcodon. Daher hat ein Gen sowohl codierende als auch nicht codierende Sequenzen. Codierungssequenzen oder CDS beziehen sich auf die Exons und zwei Codons, die Startcodon und Stoppcodon sind. Es ist die Sequenz, die tatsächlich in ein Protein übersetzt wird. Im Gegensatz dazu ist cDNA eine DNA-Sequenz, die durch reverse Transkription von der mRNA abgeleitet wird.