Unterschied Zwischen PCR-Primern Und Sequenzierungsprimern

2024 Autor: Mildred Bawerman | [email protected]. Zuletzt bearbeitet: 2023-12-16 08:37

Hauptunterschied - PCR-Primer gegen Sequenzierungsprimer

Mit den jüngsten Entwicklungen auf dem Gebiet der Molekularbiologie wurden verschiedene genetische Techniken entwickelt, die die Untersuchungsprozesse verschiedener Wege des Subjekts einfach und genau machten. PCR und andere Sequenzierungsverfahren sind zwei wichtige solche Techniken. Sie verwenden unterschiedliche Unterkomponenten. Primer werden als die Hauptunterkomponente angesehen, die sowohl PCR- als auch Sequenzierungstechniken gemeinsam ist. PCR-Primer werden zur Amplifikation einer bestimmten DNA-Sequenz verwendet, während Sequenzierungsprimer im Zusammenhang mit der Sequenzierung eines DNA-Fragments verwendet werden, um dessen spezifische Reihenfolge der Nukleotidsequenz aufzudecken. Dies ist der Hauptunterschied zwischen PCR-Primern und Sequenzierungsprimern.

INHALT

1. Überblick und Hauptunterschied

2. Was sind PCR-Primer

? 3. Was sind Sequenzierungsprimer?

4. Ähnlichkeiten zwischen PCR-Primern und Sequenzierungsprimern.

5. Vergleich nebeneinander - PCR-Primer und Sequenzierungsprimer in tabellarischer Form.

6. Zusammenfassung

Was sind PCR-Primer?

Die Polymerasekettenreaktion (PCR) ist eine genetische Technik, die auf dem Gebiet der Molekularbiologie eingesetzt wird, um einzelne oder wenige Kopien eines bestimmten DNA-Segments zu amplifizieren und viele Millionen identischer Kopien zu erhalten. In einer PCR-Reaktion werden verschiedene Komponenten einschließlich Primer verwendet. Primer sind kurze DNA-Stränge mit einer Nukleotidlänge von 18 bis 25, wodurch sie mit der Start- und Endregion der zu amplifizierenden DNA-Fragmente kompatibel sind. Primer können ein Vorwärtsprimer und ein Rückwärtsprimer sein. Diese Primer binden an den spezifischen Stellen an das DNA-Fragment, an denen die DNA-Polymerase an der Stelle an den spezifischen Primer bindet und die Synthese des neuen DNA-Strangs initiiert.

Die Auswahl der Primer ist ein wichtiger Aspekt des PCR-Prozesses. Die Auswahl der Länge des Primers ist wichtig. Die ideale Länge wäre 18-25 Nukleotide. Wenn die Länge zu kurz oder zu lang ist, binden die Primer nicht an die DNA-Sequenz, um genau amplifiziert zu werden. Zu kurze Primer führen zu unspezifischem Primer-Annealing an verschiedenen Stellen der DNA-Sequenz.

Abbildung 01: PCR-Primer

Der Guanin- und Cytosin (GC) -Gehalt in einem guten Primer sollte im Bereich von 40 bis 60 liegen. Die Primer-Annealing-Temperatur und die Schmelztemperatur sind wichtige Faktoren während der PCR. Die Schmelztemperatur sollte genau berechnet werden und die Primer-Glühtemperatur sollte 5 ⁰ C niedriger sein als die Schmelztemperatur. Die Schmelztemperatur sollte 60 ° C und 75 ° C betragen. Zu hohe oder zu niedrige Temperaturen führen zu einer geringeren Aktivität der aktiven DNA-Polymerase.

Was sind Sequenzierungsprimer?

Sequenzierungsprimer werden im Zusammenhang mit der Sequenzierung eines DNA-Fragments verwendet, um dessen spezifische Identität aufzudecken. Um gute Sequenzierungsergebnisse zu erzielen, sind hochwertige Primer und Templates wichtig. Wenn Primer ausgewählt werden, sollten sie daher für eine bestimmte Region eindeutig sein, in der wir sequenzieren möchten. Es sollte auch eine korrekte Ausrichtung haben, bei der die Sequenzen normalerweise von 3'- bis 5'-Enden der Primer erzeugt werden. Der Sequenz sollte eine unerwünschte Selbsthybridisierung wie die Bildung von Haarnadelschleifen fehlen. Es sollte keine aufeinanderfolgende Bildung von Guaninbasen enthalten.

Die Schmelztemperatur (Tm) des Primers muss für die Bedingungen der Sequenzierung geeignet sein. Daher sollte es zwischen 52 ^° C und 74 ^° C liegen. Die Herstellung von Oligonukleotiden, die als Primer verwendet werden sollen, sollte gereinigt werden, um die gewünschte volle Länge der Sequenz zu erhalten. Wenn die Oligonukleotide Verunreinigungen enthalten, wird die Primersequenzsignalisierung von verschiedenen Primingstellen überlagert und es wird auch die Anzahl der Basiszellen verringert.

Abbildung 02: Sequenzierung von Primern

Die Primerschmelztemperatur (Tm) eines Oligonukleotids bestimmt, wie stark die komplementären DNA-Stränge miteinander hybridisiert sind. Tm kann als thermodynamische Berechnung betrachtet werden, bei der es sowohl von DNA-Sequenzen als auch von verschiedenen Bedingungen wie der Salzkonzentration abhängt. Die Tm ist während der PCR wichtig, bei der eine als Zyklussequenzierung bezeichnete Variante verwendet wird, um eine Gruppe von Didesoxynukleotid-terminierten Fragmenten herzustellen. Hier wird der sequenzierte Primer zunächst alternativ getempert, dann verlängert und zuletzt zur Amplifikation denaturiert. Daher sollte der Tm-Wert zwischen 52 ^° C und 74 ^° C liegenC. Synthetisierte Oligonukleotide können nach Wahl von DNA / RNA-Syntheselabors bezogen werden. Der kleine Synthesemaßstab, der für die DNA-Sequenzierung verwendet wird, beträgt normalerweise 50 nmol. Am wichtigsten ist auch, dass die zur Sequenzierung verwendeten Primer so gereinigt werden, dass sie frei von Verunreinigungen sind, die eine Qualitätsminderung verhindern.

Was sind die Ähnlichkeiten zwischen PCR-Primern und Sequenzierungsprimern?

• Sowohl PCR-Primer als auch Sequenzierungsprimer sind Primer, die im Amplifikationsprozess einer Ziel-DNA-Sequenz verwendet werden.
• Sowohl PCR-Primer als auch Sequenzierungsprimer bestehen aus Nukleotiden.
• Sowohl PCR-Primer als auch Sequenzierungsprimer sind kurze Oligomere.

Was ist der Unterschied zwischen PCR-Primern und Sequenzierungsprimern?

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PCR-Primer gegen Sequenzierungsprimer
PCR-Primer sind kurze DNA-Stränge mit einer Nukleotidsequenzlänge von 18 bis 25, wodurch sie mit der Start- und Endregion der zu amplifizierenden DNA-Fragmente kompatibel sind.	Sequenzierungsprimer sind kurze Oligomere, die im Zusammenhang mit der Sequenzierung eines DNA-Fragments verwendet werden, um dessen spezifische Identität aufzudecken.
Funktion
PCR-Primer werden zur Amplifikation einer bestimmten DNA-Sequenz verwendet.	Sequenzierungsprimer werden im Zusammenhang mit der Sequenzierung eines DNA-Fragments verwendet, um dessen spezifische Identität aufzudecken.
Anzahl der benötigten Primer
Zwei Primer; Ein Vorwärtsprimer und ein Rückwärtsprimer werden als PCR-Primer verwendet.	Benötigen Sie nur einen Primer als Sequenzierungsprimer.

Zusammenfassung - PCR-Primer vs Sequenzierungsprimer

Sequenzierungsprimer werden im Zusammenhang mit der Sequenzierung eines DNA-Fragments verwendet, um dessen spezifische Identität aufzudecken. Ein Sequenzierungsprimer reicht aus, um den Prozess auszuführen. Um gute Sequenzierungsergebnisse zu erzielen, sind hochwertige Primer und Templates wichtig. Wenn Primer ausgewählt werden, sollten sie daher für eine bestimmte Region eindeutig sein, in der wir sequenzieren möchten. PCR-Primer sind kurze DNA-Stränge mit einer Nukleotidlänge von 18 bis 25, die mit der Start- und Endregion der zu amplifizierenden DNA-Fragmente kompatibel sind. PCR-Primer können ein Vorwärtsprimer und ein Rückwärtsprimer sein. Der Guanin- und Cytosin (GC) -Gehalt in einem guten Primer sollte im Bereich von 40 bis 60 liegen. Die Primer-Annealing-Temperatur und die Schmelztemperatur sind wichtige Aspekte während der PCR. Dies ist der Unterschied zwischen PCR-Primern und Sequenzierungsprimern.