Der Hauptunterschied zwischen Endozytose und Phagozytose besteht darin, dass Endozytose der Prozess ist, bei dem die Materie durch Bildung von Zellmembranvesikeln in die Zelle aufgenommen wird, während Phagozytose der Prozess ist, bei dem die große feste Substanz durch Bildung von Phagosomen in die Zelle aufgenommen wird.
Endozytose und Phagozytose sind zwei Transportmechanismen, die Materialien in die Zelle bringen. Endozytose ist in drei Kategorien unterteilt. Unter diesen sind Phagozytose und Pinozytose die beiden häufigsten Arten. Darüber hinaus ist die Phagozytose eine Form der Endozytose. Während beider Mechanismen werden Materialien in Vesikeln aufgenommen. Diese Materialien umfassen Zelltrümmer, Enzyme, tote Zellen, Krankheitserreger, Hormone, Nährstoffe usw. Der entgegengesetzte Mechanismus der Endozytose ist die Exozytose, bei der Material aus der in Vesikeln eingeschlossenen Zelle entfernt wird.