Der Hauptunterschied zwischen künstlichem Embryo-Twinning und somatischem Zellkerntransfer besteht darin, dass künstliches Embryo-Twinning die Technik ist, bei der die Spaltung eines befruchteten Eies in zwei genetisch identische Embryonen unter In-vitro-Bedingungen erfolgt, während der somatische Zellkerntransfer eine Technik ist, bei der die Insertion von Ein somatischer Zellkern in eine entkernte Eizelle findet unter In-vitro-Bedingungen statt.
Das molekulare Klonen ist eine wichtige Technik bei der Herstellung rekombinanter Organismen mit verbesserten Eigenschaften. Künstliche Embryo-Zwillinge und somatischer Zellkerntransfer sind zwei solche Techniken, die unter In-vitro-Bedingungen verwendet werden, um Klone sowohl für reproduktive als auch für therapeutische Zwecke zu erzeugen. Es gibt jedoch einen Unterschied zwischen künstlicher Embryonenpartnerschaft und somatischem Zellkerntransfer hinsichtlich ihrer Klonierungsmethode.