Der Hauptunterschied zwischen UPGMA und dem Nachbarverbindungsbaum ist der Typ des phylogenetischen Baums, der sich aus jeder Methode ergibt. UPGMA ist die Technik zum Konstruieren eines verwurzelten phylogenetischen Baums, während Nachbarverbindungsbaum die Technik zum Konstruieren eines nicht verwurzelten phylogenetischen Baums ist.
Phylogenetische Bäume sind baumartige Diagramme, die evolutionäre Beziehungen zwischen Organismen zeigen. Ein phylogenetischer Baum kann abhängig von der für die Baumkonstruktion verwendeten Technik unterschiedliche Topologien aufweisen. UPGMA und Neighbor Joining Tree sind zwei Hauptmethoden, mit denen phylogenetische Bäume erstellt werden.
