Der Hauptunterschied zwischen Endosymbiose und Symbiose besteht darin, dass Endosymbiose eine Theorie ist, die beschreibt, wie Mitochondrien und Chloroplasten in eukaryotische Zellen gelangten, während Symbiose eine langfristige Wechselwirkung zwischen zwei verschiedenen lebenden Arten ist.
Organismen in einem Ökosystem interagieren auf unterschiedliche Weise miteinander. Symbiose ist eine Wechselwirkung zwischen zwei verschiedenen Arten, die zusammen leben. Einige Interaktionen kommen beiden Parteien zugute, während andere Interaktionen neutral bleiben. Einige andere Interaktionen sind jedoch für eine Partei schädlich, insbesondere für den Wirtsorganismus, während die andere Partei Vorteile auf Kosten des Wirts erhält. Wir können all diese Arten von Interaktionen in einem Ökosystem sehen. Diese Art von Wechselwirkungen sind jedoch für die Stabilität eines Ökosystems von entscheidender Bedeutung. Endosymbiose hingegen ist eine Theorie, die den Ursprung der eukaryotischen Zelle aus einer prokaryotischen Zelle erklärt.