Der Hauptunterschied zwischen Ubichinonen und Cytochromen besteht darin, dass die Ubichinone (CoQ) keine Proteine sind, während die Cytochrome Proteine sind.
Die Elektronentransportkette ist das letzte Stadium der aeroben Atmung. Daher kommt es in der inneren Membran der Mitochondrien vor. Darüber hinaus besteht es aus Elektronenträgern, die die Erzeugung eines Protonengradienten über die Membran erleichtern. Neben NAD und Flavoproteinen sind Ubichinone und Cytochrome zwei Arten von Elektronenträgern, die an der Elektronentransportkette beteiligt sind. Ubichinone sind nicht proteinlipidlösliche, hydrophobe organische Moleküle, während Cytochrome eisenhaltige Proteine sind.