Der Hauptunterschied zwischen Golgi-Körpern und Mitochondrien liegt in der Funktion, die sie erfüllen. Die Hauptfunktion von Golgi-Körpern (oder Golgi-Apparaten) ist die Modifikation, Sortierung und Verpackung von Proteinen zur Sekretion, während die Hauptfunktion der Mitochondrien die Produktion der Energiewährung der Zelle (ATP) durch Atmung ist.
Eukaryontische Zellen enthalten zelluläre Organellen wie Golgi-Körper, Mitochondrien, Lysosomen, Ribosomen, Zellkern usw. Dies sind lebenswichtige Organellen, die für die zellulären Funktionen notwendig sind. Golgi-Körper sind Teil des Endomembransystems, das aus Vesikeln und gefalteten Membranen besteht, während Mitochondrien doppelt membrangebundene bohnenförmige Organellen sind, die in eukaryotischen Zellen vorkommen.