Der Hauptunterschied zwischen Dekantieren und Filtrieren besteht darin, dass durch Dekantieren zwei Komponenten in einer Mischung durch Abgießen einer Komponente getrennt werden, während durch Filtration zwei Komponenten durch Abfiltrieren einer Komponente getrennt werden.
Sowohl Dekantieren als auch Filtrieren trennen zwei Komponenten in einem Flüssig-Fest-Gemisch oder einem Gemisch aus zwei nicht mischbaren Flüssigkeiten unter der Schwerkraft. Bei der Filtration wird jedoch ein Filterpapier oder ein anderer geeigneter Filter für diese Trennung verwendet. Beim Dekantieren wird jedoch nur die Flüssigkeit abgegossen, um den Feststoff oder die andere Flüssigkeit in der Mischung zu isolieren. Daher ist die Filtration die genaueste der beiden Methoden, aber in einigen Fällen ist auch die Dekantierung nützlich.
