Der Hauptunterschied zwischen Myxomycota und Eumycota besteht darin, dass Myxomycota aus pilzartigen Schleimpilzen besteht, denen im vegetativen Zustand Zellwände fehlen, während Eumycota aus echten Pilzen besteht, die filamentöse eukaryotische heterotrophe Mikroorganismen sind, die aus starren Zellwänden bestehen.
Myxomycota und Eumycota sind zwei Hauptabteilungen von Organismen. Myxomycota gehört zum Königreich Protista, während Eumycota zum Königreich Pilze gehört. Myxomycota umfasst pilzähnliche Organismen. Ihnen fehlen im vegetativen Zustand Zellwände aus Chitin. Aber Eumycota ist ein wahrer Pilz mit Chitin-Zellwänden. Echte Pilze haben Myzelien und sind heterotrophe aerobe Mikroorganismen.