Der Hauptunterschied zwischen Mutagen und Teratogen besteht darin, dass Mutagen eine Substanz oder ein Wirkstoff ist, der eine Änderung der DNA-Sequenz eines Individuums verursacht, während ein Teratogen ein Wirkstoff ist, der den Fötus oder den sich entwickelnden Embryo während der Schwangerschaft schädigt.
Mutagene und Teratogene sind üblicherweise chemische Mittel. Physikalische und biologische Wirkstoffe können jedoch auch als Mutagen oder Teratogen wirken. Beides kann bei Personen zu sehr schädlichen oder tödlichen Auswirkungen führen. Die Verbesserung der Biotechnologie hat jedoch neue Erkenntnisse sowohl zu den Konzepten von Mutagenen als auch von Teratogenen geliefert.