Der Hauptunterschied zwischen Antigen- und Phasenvariation besteht darin, dass die Antigenvariation der Mechanismus ist, der sich auf die Expression von Antigen-unterschiedlichen Proteinen, Kohlenhydraten oder Lipiden auf ihren Oberflächen bezieht, während die Phasenvariation das hochfrequente reversible Ein- und Ausschalten der Phänotyp-Expression ist.
Antigen- und Phasenvariation sind zwei Arten von molekularen Mechanismen, die von Krankheitserregern verwendet werden, um Immunantworten des Wirts zu vermeiden. Sie sind miteinander verwandt. Diese Mechanismen ermöglichen es Mikroben, insbesondere Bakterien, sich an mehr als eine Umgebung anzupassen. Infolge der Phasen- und Antigenvariation wird ein heterogener Phänotyp einer klonalen Bakterienpopulation gebildet. In dieser Population exprimieren einzelne Zellen phasenvariable Proteine oder eine der mehreren antigenen Formen des Proteins. Diese Variationen sind hauptsächlich Virulenzstrategien, die von Krankheitserregern ausgeführt werden.
