Hauptunterschied - Exom vs. RNA-Sequenzierung
Die Nukleinsäuresequenzierung ist die Technik, die die Reihenfolge der Nukleotide in einem bestimmten DNA- oder RNA-Fragment eines Organismus bestimmt. Die Sequenzierung ist wichtig, um die DNA- und RNA-Zusammensetzung der Zelle zu identifizieren und bestimmte Gene zu unterscheiden, die für funktionelle Proteine kodieren. Somit kann die Sequenzierung verwendet werden, um die Mutationen dieser Gene und Genexpressionen zu verstehen. Die Sanger-Sequenzierungsmethode oder die fortgeschritteneren Sequenzierungsmethoden der nächsten Generation sind die üblicherweise verwendeten Sequenzierungsmethoden. Die Exomsequenzierung ist die Sequenzierung des vollständigen Satzes von Exons oder kodierenden DNA-Regionen, die in einem Organismus vorhanden sind, während die RNA-Sequenzierung das Sequenzierungsverfahren von Ribonukleinsäuren (RNA) ist. Dies ist der Hauptunterschied zwischen Exom- und RNA-Sequenzierung.
INHALT
1. Überblick und
Hauptunterschied 2. Was ist Exomsequenzierung?
3. Was ist RNA-Sequenzierung
? 4. Ähnlichkeiten zwischen Exom- und RNA-Sequenzierung.
5. Vergleich nebeneinander - Exom- und RNA-Sequenzierung in tabellarischer Form.
6. Zusammenfassung
Was ist Exomsequenzierung?
Das Exom ist eine Teilmenge des Genoms, die aus den kodierenden Genen eines bestimmten Organismus besteht. Codierende Gene werden als Exons bezeichnet und in mRNA transkribiert und dann in Aminosäuresequenzen übersetzt. Während posttranskriptionaler Modifikationen entfernt der RNA-Spleißmechanismus in Eukaryoten die Introns (nicht kodierende Regionen) und die Exons bleiben erhalten. Es gibt zwei Haupttechniken, bei denen die Exomsequenzierung durchgeführt wird: lösungsbasiert und arraybasiert.
Bei der lösungsbasierten Exomsequenzierung werden DNA-Proben entweder unter Verwendung von Restriktionsenzymen oder einer mechanischen Methode fragmentiert und durch Hitze denaturiert. Bei dieser Technik werden biotinylierte Oligonukleotidsonden (Köder) verwendet, um selektiv mit Zielregionen im Genom zu hybridisieren. Für den Bindungsschritt werden magnetische Streptavidinperlen verwendet. Auf die Bindung folgt ein Waschschritt, bei dem die ungebundenen und nicht zielgerichteten Sequenzen weggewaschen werden. Die gebundenen Ziele werden dann unter Verwendung der Polymerasekettenreaktion (PCR) amplifiziert und dann unter Verwendung von Sanger-Sequenzierungs- oder Next-Generation-Sequenzierungstechniken sequenziert.
Abbildung 01: Exomsequenzierung
Das Array-basierte Verfahren ähnelt auch dem lösungsbasierten Verfahren, außer dass DNA-Fragmente in einem Mikroarray eingefangen werden und dann die Bindungs- und Waschschritte folgen, bevor sie sequenziert werden.
Die Exomsequenzierung wird in vielen Anwendungen wie der genetischen Diagnose von Krankheiten, in der Gentherapie, bei der Identifizierung neuartiger genetischer Marker, in der Landwirtschaft zur Identifizierung verschiedener nützlicher agronomischer Merkmale und bei Pflanzenzüchtungsverfahren verwendet.
Was ist RNA-Sequenzierung?
Die RNA-Sequenzierung basiert auf dem Transkriptom, bei dem es sich um die vollständigen Transkripte der Zelle handelt. Die Hauptziele der RNA-Sequenzierung sind die Katalogisierung aller Arten des Transkripts, einschließlich mRNA, nicht-kodierender RNA und kleiner RNA, die Bestimmung der Transkriptionsstruktur von Genen und die Quantifizierung der Expressionsniveaus jedes Transkripts während der Entwicklung. Während der RNA-Sequenzierung wurden zunächst Hybridisierungstechnologien (die komplementäre DNA waren, die von reifen mRNA-Sequenzen abgeleitet war) zur Sequenzierung verwendet. Gegenwärtig wird eine genauere und fortschrittlichere Durchsatztechnik für die RNA-Sequenzierung verwendet.
Abbildung 02: RNA-Sequenzierung
Bei der RNA-Sequenzierung wird eine RNA-Probe, die Gesamt-RNA oder fraktionierte RNA sein kann, unter Verwendung der reversen Transkription in ihre komplementäre DNA (cDNA) umgewandelt und eine cDNA-Bibliothek hergestellt. Jedes cDNA-Fragment ist auf beiden Seiten (Paarendsequenzierung) oder auf einer Seite (Einzelendsequenzierung) an Adapter gebunden. Diese markierten Sequenzen werden mithilfe der Sanger-Sequenzierung oder der nächsten Generation wie der Exomsequenzierung sequenziert.
Was sind die Ähnlichkeiten zwischen Exom- und RNA-Sequenzierung?
- Kurze ausgewählte Fragmente oder der gesamte Satz von DNA / RNA können für die Exom- oder RNA-Sequenzierung verwendet werden.
- Sequenzierte Fragmente werden in Bibliotheken aufbewahrt.
- Sanger-Sequenzierung oder Next-Generation-Sequenzierung kann verwendet werden.
- Beide sind In-vitro-Sequenzierungsmethoden.
- Sequenzierte Fragmente können durch fluoreszierende Tags bestimmt werden.
Was ist der Unterschied zwischen Exom- und RNA-Sequenzierung?
Diff Artikel Mitte vor Tabelle
Exom vs RNA-Sequenzierung |
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| Die Exomsequenzierung ist die Sequenzierung des vollständigen Satzes von Exons oder kodierenden DNA-Regionen, die in einem Organismus vorhanden sind. | Die RNA-Sequenzierung bezieht sich auf das Sequenzierungsverfahren von Ribonukleinsäuren (RNA); das Transkriptom. |
| Probe starten | |
| Genomische DNA ist die Ausgangsprobe der Exomsequenzierung. | RNA ist die Ausgangsprobe der RNA-Sequenzierung. |
| Komposition | |
| Dies enthält nur codierende Regionen der gesamten DNA, die als Exons bekannt sind | Dieses enthält RNA-mRNA / Transkriptom. |
| Sequenzierung | |
| Es gibt zwei Hauptmethoden zur Exomsequenzierung; lösungsbasierte und Array-basierte Technologien. | Die RNA-Sequenzierung erfolgt über die Herstellung einer cDNA-Bibliothek durch Extraktion der Gesamt-RNA oder der fragmentierten RNA. |
Zusammenfassung - Exom vs. RNA-Sequenzierung
Exom ist der vollständige Satz von codierenden Regionen eines Organismus, und die Techniken zur Bestimmung der exakten Nukleotidreihenfolge von Exom werden als Exomsequenzierung bezeichnet. Die RNA-Sequenzierung ist die Technik, die bei der Bestimmung der Nukleotidordnung der RNA eines Organismus beteiligt ist. Dies ist der Unterschied zwischen Exom- und RNA-Sequenzierung.
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