Der Hauptunterschied zwischen Mesenchym und Ektomesenchym hängt von der Art der Zellen ab, die sie enthalten. Mesenchym enthält lose Zellen, die leicht wandern, um das Grundgewebe von Kollagen sowie Knochen- und Knorpelgewebe zu bilden, während Ektomesenchym Zellen des Nervenkamms enthält und das Gewebe von Hals und Schädel bildet.
Sowohl Mesenchym als auch Ektomesenchym sind im embryonalen Stadium vorhanden. Die Entwicklung des Mesenchyms und des Ektomesenchyms ist wichtig, um die Entwicklung verschiedener Gewebe zu untersuchen, die aus diesen Zellen entstehen.