Der Hauptunterschied zwischen bakteriellen Endosporen und Pilzsporen ist die zelluläre Organisation der beiden Sporentypen. Bakterielle Endosporen sind ruhende Strukturen, die in prokaryotischen Bakterien vorhanden sind. Pilzsporen sind Fortpflanzungsstrukturen, die in eukaryotischen Pilzen vorhanden sind.
Bakterienendosporen sind in den Bakterienzellen vorhanden und es handelt sich um ruhende Strukturen, die die rauen Umgebungsbedingungen überstehen können. Folglich keimen diese Endosporen, wenn die geeigneten Umgebungsbedingungen erfüllt sind. Im Gegensatz dazu sind Pilzsporen Exosporen, die zur Sporulation nach außen freigesetzt werden.
