Der Hauptunterschied zwischen Insertions- und Ersatzvektoren besteht darin, dass der Insertionsvektor mäßige Längen fremder DNA inserieren kann, während der Ersatzvektor größere Längen fremder DNA aufnehmen kann.
Phagenvektoren sind die zur Klonierung verwendeten Bakteriophagen. Es gibt zwei Arten von Phagenvektoren; Sie sind Insertionsvektor und Ersatzvektor. Außerdem bestehen alle Phagenvektoren aus nicht essentiellen Genen. Diese Gene müssen jedoch aus den Phagen entfernt werden, um neue fremde DNA-Inserts zu ermöglichen.