Der Hauptunterschied zwischen Apomorphie und Plesiomorphie besteht darin, dass sich die Apomorphie auf ein Merkmal bezieht, das für eine Klade einzigartig ist und in allen Nachkommen dieser bestimmten Klade gefunden wird, während sich die Plesiomorphie auf ein Merkmal bezieht, das in der Klade vorhanden ist, aber möglicherweise nicht vorhanden ist alle Mitglieder der Klade.
In der Phylogenetik ist die Kladistik der Bereich, in dem Organismen anhand der Merkmale, die die Vorfahren erben, in Gruppen oder Gruppen eingeteilt werden. Es ist eine sehr zuverlässige Form der Untersuchung, mit deren Hilfe evolutionäre und phylogenetische Beziehungen analysiert werden können. Verschiedene Terminologien können verwendet werden, um Eigenschaften jeder Klade zu beschreiben, wie Apomorphie, Plesiomorphie, Autapomorphie, Synapomorphie und Homoplasie usw. Unter diesen sind Apomorphie und Plesiomorphie relative Begriffe. In diesen Studien ist computergestützte Software sehr hilfreich, um die Eigenschaften und Merkmale von Apomorphie und Plesiomorphie zu untersuchen.