Der Hauptunterschied zwischen Bakterien und Eukaryoten besteht darin, dass den Bakterien ein echter Kern und membrangebundene Organellen fehlen, während die Eukaryoten einen echten Kern und membrangebundene Organellen besitzen.
Die Zelle ist die grundlegende funktionelle und strukturelle Einheit aller lebenden Organismen. Abhängig von der Grundstruktur der Zelle gibt es zwei Grundkategorien von Organismen, nämlich Prokaryoten und Eukaryoten. Prokaryoten sind einzellige Organismen mit einfachen Zellstrukturen. Sie umfassen zwei Hauptgruppen; Bakterien und Archaea. Andererseits haben Eukaryoten komplexe Zellstrukturen mit gut organisierten Zellen. Dazu gehören Protisten, Pilze, Pflanzen und Tiere. Da sowohl Bakterien als auch Eukaryoten lebende Organismen sind, weisen sie einige Ähnlichkeiten auf, z. B. eine Zellmembran, Ribosomen, DNA, die genetische Informationen enthält usw. Da Bakterien jedoch Prokaryoten sind, weisen Bakterien und Eukaryoten viele strukturelle und funktionelle Unterschiede zu Eukaryoten auf. Dieser Artikel soll den Unterschied zwischen Bakterien und Eukaryoten hervorheben.