Der Hauptunterschied zwischen Blaualgen und Grünalgen besteht darin, dass Blaualgen prokaryotische Organismen sind, die zu Kingdom Monera gehören, während Grünalgen eukaryotische Organismen sind, die zu Kingdom Protista gehören.
Die Photosynthese ist der von Photoautotrophen gezeigte Prozess. Es ist der Prozess, bei dem Kohlenhydrate (Lebensmittel) synthetisiert werden, indem Energie aus dem Sonnenlicht gewonnen wird. Das Verfahren erfordert die Anwesenheit von photosynthetischen Pigmenten, CO 2 und Wasser. Photoautotrophe besitzen photosynthetische Pigmente zur Durchführung der Photosynthese. Es gibt drei Hauptgruppen von Photoautotrophen wie Pflanzen, Cyanobakterien (Blaualgen) und Algen (einschließlich Grünalgen). Daher sind sowohl Blaualgen als auch Grünalgen photosynthetische Organismen. Blaualgen sind jedoch prokaryotische Organismen, während Grünalgen eukaryotische Organismen sind. Dementsprechend gibt es einen Unterschied zwischen Blaualgen und Grünalgen aufgrund ihrer zellulären Organisation und anderer Eigenschaften.