Der Hauptunterschied zwischen septierten und aseptierten Hyphen besteht darin, dass septierte Hyphen Septa oder Kreuzwände aufweisen, die die Hyphen in verschiedene Zellen teilen, während aseptate Hyphen keine Septa aufweisen.
Hyphen sind lange filamentartige oder fadenartige Strukturen von Pilzen. Hyphen repräsentieren die vegetative Struktur von Pilzen. Myzel ist die Sammlung von Hyphen eines Pilzes. Pilzhyphen bestehen aus Zellen, die von einer Zellwand aus Chitin umgeben sind. Um die Zellen innerhalb der Hyphen zu trennen, gibt es perforierte Querwände, die als Septen bezeichnet werden. Septen sind jedoch nicht in allen Hyphenhyphen vorhanden. Aufgrund des Vorhandenseins und Nichtvorhandenseins von Septen gibt es zwei Arten von Hyphen: Septathyphen und Aseptathyphen.