Der Hauptunterschied zwischen FISH und CGH besteht darin, dass FISH eine molekulare Technik ist, die eine spezifische DNA-Sequenz auf einem Chromosom unter Verwendung fluoreszenzmarkierter Sonden nachweist, während CGH eine andere molekularzytogenetische Technik ist, die Veränderungen in der genomischen DNA nachweist.
Die zytogenetische Analyse spielt in der Medizin eine wichtige Rolle bei der Erkennung von Chromosomenanomalien wie Aneuploidien, Deletionen, Duplikationen und Umlagerungen usw. Chromosomenanomalien führen schließlich zu genetischen Erkrankungen wie Krebs, Unfruchtbarkeit, Down-Syndrom, Klinefelter-Syndrom, Turner-Syndrom, Leukämie usw. Es gibt verschiedene molekularzytogenetische Methoden zum Nachweis der oben genannten Defekte und Krankheiten. Unter diesen sind FISH (fluoreszierende In-situ-Hybridisierung) und CGH (vergleichende genomische Hybridisierung) zwei leistungsstarke Hybridisierungstechniken. Beide Methoden haben jedoch Vor- und Nachteile.