Der Hauptunterschied zwischen E. coli und Pseudomonas aeruginosa besteht darin, dass E. coli eine fakultative anaerobe Bakterienart ist, die zur Familie Enterobacteriaceae und zur Gattung Escherichia gehört, während P. aeruginosa eine aerobe Bakterienart ist, die zur Familie Pseudomonadadaceae und zur Gattung Pseudomonas gehört.
Sowohl E. coli als auch Pseudomonas aeruginosa sind gramnegative, stäbchenförmige und bewegliche Bakterien. Darüber hinaus sind sie eingekapselte Bakterien. E. coli ist jedoch eine Art der Gattung Escherichia, während P. aeruginosa eine Art der Gattung Pseudomonas ist.
