Der Hauptunterschied zwischen Cotransport und Gegentransport besteht darin, dass Cotransport eine Form des sekundären aktiven Transports ist, der zwei Arten von Molekülen gleichzeitig in derselben oder entgegengesetzter Richtung über die Plasmamembran transportiert. Andererseits ist der Gegentransport eine der beiden Formen des Cotransports, bei dem zwei Arten von Molekülen gleichzeitig in entgegengesetzter Richtung über die Zellmembran transportiert werden.
Moleküle gehen über die selektive Plasmamembran der Zelle ein und aus. Es gibt verschiedene Arten von Membrantransportproteinen. Cotransport und Countertransport sind zwei Arten des sekundären aktiven Transports. Der Cotransport transportiert zwei verschiedene Arten von Molekülen gleichzeitig in einer gekoppelten Bewegung, während der Gegentransport oder Austausch eine Art von Cotransport ist, der zwei Arten von Molekülen in die entgegengesetzte Richtung über die Membran transportiert.